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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿整体里种类的胃肠疾病组成。肾聚集中CaOx结晶体过过饱和沉积状会致使肾小管组织受伤和凋亡,而致使肾结石的组成。短链碳水化合物酸由胃肠内厌氧堆肥疾病堆肥营养健康氯纶生产,不止在部分区域胃肠天然屏障中起着效用,甚至在整体平行上也起着最为关键的效用。在这其中,丁酸是最丰厚的短链碳水化合物酸,还具有消除炎症和免疫细胞压制效用,本钻研论述丁酸对CaOx肾结石的效用试述意向靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医疗机构泌尿产科吴忠教受、周子健研究生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠老师、周子健硕士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物体与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网临床药理学提供服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

篇文章标题:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 合作方厂家:华山医院科室 学习客体:大鼠、HK-2神经细胞 排序信心:照表组(Con)、建模组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱供应技术应用:数据网络药理学学测试

工作思路流量图

实验但是

科学分析考生一方面打造大鼠模式化,凭借女性生理什么是生化指標和组织性病检学固色等科学分析方式得知丁酸可能极大减少CaOx模式化大鼠肾CaOx多晶体的生成和损害,可以改善CaOx模式化大鼠的慢性炎症损害和空气脱色产物的过早表示。还有就是,丁酸还可抑制作用草酸诱导型的HK-2血受损细胞损害、空气脱色应激反应和血受损细胞凋亡。 为论述性学习丁酸的结构特征和靶表观遗传在线,论述员工从PubChem读取丁酸和丁酸酯的二维和二维的结构特征(图1A)。使用PharmMapper统计资料信息资料库和Uniprot统计资料信息资料库做出处理后共挑选出119个丁酸靶表观遗传供进一歩剖析。将表观遗传列表页引入STRING统计资料信息资料库,做出PPI在线剖析。Cytoscape明确了顺序的前20的联络线站站靶表观遗传的祥细在线图,其中包括CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。以上联络线站站表观遗传与在线中的别的表观遗传均症状出很大的涉及到性,介绍以上表观遗传或者性起到着协作角色。GO和KEGG剖析体现了丁酸联络线站站表观遗传的涉及到手段和生物技术制品学功能表(图1C)。联络线站站表观遗传最关键的与类固醇的性激素初次回应、腐蚀应激性状态初次回应、活力性酶类氧上皮细胞对类固醇的性激素刺激到的催化响应各类对呈酸性催化材料的催化响应相关。结合以上所论,以上联络线站站表观遗传最关键的进入了腐蚀应激性状态和对活力性酶类氧的生物技术制品催化响应历程,是肾结石转变成机制化中至关决定性的手段,这表述丁酸或者性在肾结石中起到决定性角色。

图1| 丁酸构造与靶遗传基因网路阐述(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进一大步探究丁酸对CaOx肾结石真的切靶表观遗传,探究人工费利用率GEO信息资料库对GSE73680中良好相较比较与CaOx肾结石糖尿病客户的表观遗传不同之处对其来了探究。相较比较组与CaOx结石糖尿病客户的更为明显性不同之处表示表观遗传(DEGs)需求条件为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共需求到3783个表观遗传来更为明显變化,这当中3379个(89.4%)表观遗传表示上涨,404个(10.6%)表观遗传表示下跌(图2A)。对DEGs对其来聚类分析算法解析,热图凸显了前10个被选中DEGs的二维分层现象聚类分析算法共同点(图2B)。那么,探究人工费经过GeneCards信息资料库人工费鉴定结论了370个将会与CaOx肾结石相应的表观遗传,排名榜前20位的分析预测表观遗传还有相应性评估如同2C如图是。要为找见丁酸控制CaOx肾结石的重要性靶点,探究人工费将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石相应表观遗传治疗到一堆个Venn图。结果是,CYP2C9被判定为丁酸直接影响CaOx肾结石的不确定性靶点(图2D)。最后,探究人工费还对其来了丁酸与CYP2C9的原子核合作,CYP2C9的二个碳水化合物残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸主动效果,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在利于微信网络药学学分折CYP2C9是丁酸作用CaOx肾结石的靶表观遗传后,理论研究员还凭借神经细胞核實驗否认了CYP2C9可大大减少草酸促进的HK-2神经细胞核的ROS程度、感染软组织损伤和凋亡。

图2| 占多数据库协同进行分析预估CYP2C9是丁酸的作用于CaOx肾结石的靶dna

理论研究结局

本论述应当得知丁酸在身体之外和身体均能促使CaOx肾结石整治的防阳极氧化应激性状态和宫颈真菌感染伤害,还有借助系统上药剂学学建立得到了丁酸后果CaOx肾结石的自身靶点——CYP2C9,还有借助癌神经元检测灵魂存在CYP2C9在草酸盐帮助的HK-2癌神经元ROS情况、宫颈真菌感染伤害和凋亡。他们得知表面丁酸应该借助促使CYP2C9来促使CaOx肾结石的防阳极氧化应激性状态,消除宫颈真菌感染伤害。一项操作过程中拜谱菌物提拱了系统上药剂学学技術水平精准服务项目,再者拜谱菌物可加强成熟稳定成熟的基因组组学、氨基酸质组学、新陈代谢组学等几组学好产品及技術水平精准服务项目,喜爱拨打电话资询! 参考选取医学文献:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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